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纯干货!关于细胞系STR鉴定,科研人必须了解的十个要点!日期:2024-12-09

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要点一:目前只有人源细胞系和小鼠细胞系可进行STR鉴定

人源细胞系、小鼠细胞系的STR分型技术相对成熟,相关的数据库也比较完善,因此可以通过STR分型来确认细胞系身份。其他动物细胞系的STR分型技术现阶段还不成熟,目前无法进行STR鉴定,只能进行种属鉴定。

要点二:STR鉴定除了可以确认细胞系身份,还能检测是否存在交叉污染

如果分型图谱显示,两个以上的STR基因座同时出现多等位基因的现象,可判定细胞系存在交叉污染(特殊细胞系除外,如融合细胞系的标准STR数据就是多等位基因)。

要点三:原代细胞系也应通过STR鉴定进行相应的质控

虽然原代细胞系在数据库中没有标准STR数据可以进行比对,但通过STR分型可以排除细胞系是否是数据库中其他已知的细胞系;另外,也可以确认细胞系是否存在交叉污染。针对新建的原代细胞或未被收录STR数据的细胞系,ICLAC(The International Cell Line Authentication Committee)就提倡进行STR分型并共享STR数据,一可以为科研同行们提供数据参考,二可以有效控制细胞系的交叉污染及错误辨识。

要点四:根据ICLAC、ATCC、IJC等机构的指南和建议,以下情况都必须进行细胞系STR鉴定

1)刚获得的细胞系;2)实验项目开始前;3)细胞系传代次数超过5代以上;4)细胞系长期冻存后准备使用前;5)实验项目结束时或文章投稿前;6)细胞系表型出现任何变化时;7)新建立的细胞系;8)细胞系经历耐药实验后。

要点五:STR分型是目前细胞系鉴定的金标准方法

STR分型是目前细胞系鉴定的金标准方法。ATCC、ICLAC等机构都认定STR分型是鉴定细胞系身份、检测细胞系是否交叉污染的最有效、最准确的方法。

要点六:人源细胞系STR鉴定比对的核心基因座数量是9个或13个

目前,Cellosaurus数据库(2024年9月最新更新)收录了8808种人源细胞系的STR数据。有的细胞系只有Amelogenin基因座和8个核心基因座(CSF1PO、D5S818、D7S820、D13S317、D16S539、TH01、TPOX、vWA)的数据,这种情况下依然按照旧标准ANSI/ATCC ASN-0002-2011对9个基因座进行数据比对。而有的细胞系拥有包括13个核心基因座(CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、D13S317、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、vWA)在内的更多基因座的数据,则按照新标准ANSI/ATCC ASN-0002-2021对13个基因座进行数据比对。

要点七:小鼠细胞系STR鉴定比对的基因座数量是8个或18个

目前,Cellosaurus数据库(2024年9月最新更新)收录了139种小鼠细胞系的STR数据,有119株小鼠细胞系收录了18个基因座(4-2、6-4、1-1、6-7、2-1、17-2、11-2、8-1、19-2、7-1、1-2、13-1、5-5、12-1、18-3、15-3、3-2、X-1)的STR数据,另外20株则是8个基因座(4-2、6-4、6-7、5-5、12-1、18-3、15-3、X-1)的STR数据。因此,在进行数据比对时,如人源细胞系一样要视情况而定。

要点八:当分型图谱中多个基因座同时出现多等位基因时,并非所有情况都是交叉污染

某些特殊细胞系,如融合细胞系的标准STR数据本身就是多等位基因,即便STR分型图谱的多个基因座同时出现了多等位基因,在这种情况下并不能直接判定存在交叉污染,要根据细胞系的标准STR数据以及比对结果进行详细研判。

要点九:通过STR鉴定并不能确认所有细胞系的身份

对于在数据库中有标准STR数据的细胞系以及有供体来源STR数据的原代细胞系,通过STR分型、比对参考数据,便能够确认细胞系身份。但STR数据未被数据库收录或没有供体来源的STR数据,这类细胞系通过STR鉴定只能做到排他性以及确认是否存在交叉污染。

要点十:匹配度≥80%时,并非所有情况都可认定存在同源性

根据ANSI/ATCC ASN-0002的规定,一般认为样本细胞系和某一株细胞系的匹配度≥80%时,即可认定为同源。但是实际上很多细胞系尤其是小鼠细胞系(近交系),数据比对时匹配度都在80-85%之间。对于这种情况,就不能简单的以“匹配度≥80%”的标准来认定,需要进一步综合考虑两个细胞系更多的STR位点数据以及相关的遗传信息和背景信息来确认是否为同源细胞系。

参考文献:

1.www.jsdna.org/cell

2.http://www.jsdna.org/mobile/information/xuz

3. Jamie L. Almeida et al., Authentication of Human and Mouse Cell Lines by Short Tandem Repeat (STR) DNA Genotype Analysis. Assay Guidance Manual. PMID: 23805434. Bookshelf ID: NBK144066.

4. Nicole Y Souren et al., Cell line authentication: a necessity for reproducible biomedical research. EMBO J.2022 Jul 18;41(14):e111307.

5. ICLAC, Guide to Human Cell Line Authentication.

6. Jamie L. Almeida al., Interlaboratory study to validate a STR profiling method for intraspecies identification of mouse cell lines. PLoS One . 2019 Jun 20;14(6):e0218412.

苏州鉴达(Genetic Testing Biotechnology, GTB)除提供细胞系STR鉴定服务外,还提供亲子鉴定业务。本公司的亲子鉴定业务包括常规的亲生血缘关系鉴定(三联体或二联体的亲权鉴定)、Y染色体鉴定、X染色体鉴定以及全同胞关系鉴定。苏州鉴达目前采用国际先进的STR检测技术,使用国际公认准确的ABI 3130 DNA遗传分析仪,亲子关系准确性高达99.99997%。如需了解更多细胞系STR鉴定及亲子鉴定的相关信息,可添加以下联系方式详询。

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亲子鉴定:微信:18112556997、QQ:2859411862

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